Санкт-Петербургский ботанический сад основан (11) 22 февраля 1714 года по указу Петра I как Аптекарский огород с научными, учебными и практическими целями. 

Аптекарские сады устраивались в России уже со времён царя Михаила Федоровича для содержания аптек казённых и полевых; при Алексее Михайловиче было 3 аптекарских сада. 

Первый (не сохранившийся) подобный садик в Санкт-Петербурге был разведён на нынешней Большой Охте, близ развалин крепости Ниеншанц. Существовали Аптекарские огороды на Мойке. Петр I повелел учредить Аптекарский сад на острове Вороньем, расположенном вблизи города. В связи с этим впоследствии остров стал называться Аптекарским. Главная цель сада состояла в разведении лекарственных трав. Постепенно территория сада расширялась за счёт покупки и присоединения к нему отдельных участков. 

При Екатерине II сад имел в длину 300, а в ширину 200 саженей (то есть 640 на 425 метров); был построен большой деревянный дом, в котором жил профессор ботаники, а летом президент Медицинской коллегии. В то время здесь усердно разводили «тунгусский чаёк» (Spiraea ulmaria). Считалось, что это прекрасное потогонное средство при простудных и лихорадочных болезнях. 

Сад находился всегда в тесной связи с врачебными учебными заведениями столицы, служа им пособием при преподавании; здесь читали лекции ботаники: Буксбаум — первый ботаник-специалист, управлявший садом, совершивший несколько экскурсий по России и обогативший аптекарские питомники первыми редкими видами русских растений, Фишер, Зигебек, Рудольф, Стефан и другие; они же и управляли садом. 

В соседстве с Садом открыто было училище для детей канцелярских служителей Медицинской коллегии, первым директором которой был штаб-лекарь Парпура, под ведением которого находилась также вновь учреждённая медицинская типография (впоследствии типография Министерства внутренних дел). 

В 1823 году Аптекарский сад был реорганизован в ботанический; а с 1934 года стал научным отделением Ботанического института им. Комарова РАН. Сегодня площадь сада составляет 22,6 га, включая 16 га парка-дендрария. Коллекция насчитывает свыше 80 тысяч образцов. Экспозиция музея посвящена растительности Земли, истории и эволюции растений, растительным ресурсам России, взаимоотношениям растений и человека.